muninにプラグインを有効化する方法は簡単です。シンボリックリンクを張れば良いです。
例えば、apacheを追加するには、下記通りにすれば良いです。（実行環境：CentOS 5.7）
# ln -s /usr/share/munin/plugins/apache_accesses /etc/munin/plugins/apache_accesses # ln -s /usr/share/munin/plugins/apache_processes /etc/munin/plugins/apache_processes # ln -s /usr/share/munin/plugins/apache_volume /etc/munin/plugins/apache_volume
※muninの再起動を忘れずに：
# service munin-node restart